/* ============================================================
   Microbiome Literature Mining System v4.0
   Light Green Academic Theme
   ============================================================ */

/* ── CSS Custom Properties ─────────────────────────────────── */
:root {
    /* Colors */
    --color-bg: #f0fdf4;
    --color-bg-alt: #f7faf7;
    --color-surface: #ffffff;
    --color-primary: #059669;
    --color-primary-hover: #047857;
    --color-primary-light: #d1fae5;
    --color-primary-lighter: #ecfdf5;
    --color-accent: #10b981;
    --color-border: #e2e8f0;
    --color-border-light: #f1f5f9;
    --color-text: #1a1a2e;
    --color-text-secondary: #6b7280;
    --color-text-muted: #9ca3af;
    --color-error: #dc2626;
    --color-error-bg: #fef2f2;
    --color-warning: #d97706;
    --color-warning-bg: #fffbeb;
    --color-info: #2563eb;
    --color-info-bg: #eff6ff;
    --color-success: #059669;
    --color-success-bg: #ecfdf5;

    /* Typography */
    --font-sans: -apple-system, BlinkMacSystemFont, "Segoe UI", Roboto,
        "Helvetica Neue", Arial, "PingFang SC", "Microsoft YaHei",
        "Noto Sans SC", sans-serif;
    --font-mono: "SF Mono", "Fira Code", "Fira Mono", "Roboto Mono",
        Consolas, "Courier New", monospace;
    --font-size-xs: 0.75rem;
    --font-size-sm: 0.8125rem;
    --font-size-base: 0.875rem;
    --font-size-md: 0.9375rem;
    --font-size-lg: 1.125rem;
    --font-size-xl: 1.3125rem;
    --font-size-2xl: 1.5rem;

    /* Spacing */
    --space-1: 0.25rem;
    --space-2: 0.5rem;
    --space-3: 0.75rem;
    --space-4: 1rem;
    --space-5: 1.25rem;
    --space-6: 1.5rem;
    --space-8: 2rem;

    /* Layout */
    --sidebar-width: 280px;
    --header-height: 56px;
    --radius-sm: 4px;
    --radius-md: 6px;
    --radius-lg: 8px;
    --radius-xl: 12px;

    /* Shadows */
    --shadow-sm: 0 1px 3px rgba(0, 0, 0, 0.08);
    --shadow-md: 0 2px 8px rgba(0, 0, 0, 0.1);
    --shadow-lg: 0 4px 16px rgba(0, 0, 0, 0.12);
    --shadow-focus: 0 0 0 3px rgba(5, 150, 105, 0.15);

    /* Transitions */
    --transition-fast: 0.15s ease;
    --transition-normal: 0.25s ease;
    --transition-slow: 0.35s ease;
}

/* ── Reset & Base ──────────────────────────────────────────── */
*,
*::before,
*::after {
    margin: 0;
    padding: 0;
    box-sizing: border-box;
}

html {
    font-size: 16px;
    -webkit-font-smoothing: antialiased;
    -moz-osx-font-smoothing: grayscale;
}

body {
    font-family: var(--font-sans);
    font-size: var(--font-size-base);
    color: var(--color-text);
    background: var(--color-bg);
    line-height: 1.6;
    min-height: 100vh;
    overflow-x: hidden;
}

a {
    color: var(--color-primary);
    text-decoration: none;
}

a:hover {
    text-decoration: underline;
}

img {
    max-width: 100%;
}

/* ── Typography ────────────────────────────────────────────── */
h1, h2, h3, h4, h5, h6 {
    font-weight: 600;
    line-height: 1.3;
    color: var(--color-text);
}

h1 { font-size: var(--font-size-xl); }
h2 { font-size: var(--font-size-lg); }
h3 { font-size: var(--font-size-md); }
h4 { font-size: var(--font-size-base); }

p {
    margin-bottom: var(--space-3);
    color: var(--color-text-secondary);
}

small {
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-muted);
}

code {
    font-family: var(--font-mono);
    font-size: 0.85em;
    background: var(--color-primary-lighter);
    padding: 0.15em 0.4em;
    border-radius: var(--radius-sm);
    color: var(--color-primary);
}

/* ── Header ────────────────────────────────────────────────── */
.app-header {
    position: fixed;
    top: 0;
    left: 0;
    right: 0;
    height: var(--header-height);
    background: var(--color-surface);
    border-bottom: 1px solid var(--color-border);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
    display: flex;
    align-items: center;
    justify-content: space-between;
    padding: 0 var(--space-5);
    z-index: 1000;
}

.header-left {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-4);
}

.header-title h1 {
    font-size: var(--font-size-lg);
    font-weight: 700;
    color: var(--color-text);
    letter-spacing: 0.02em;
}

.header-title .subtitle {
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-muted);
    font-weight: 400;
    letter-spacing: 0.04em;
    text-transform: uppercase;
    margin-bottom: 0;
}

.header-right {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-3);
}

.sidebar-toggle {
    background: none;
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-radius: var(--radius-md);
    width: 36px;
    height: 36px;
    display: flex;
    align-items: center;
    justify-content: center;
    cursor: pointer;
    font-size: var(--font-size-md);
    color: var(--color-text-secondary);
    transition: all var(--transition-fast);
}

.sidebar-toggle:hover {
    background: var(--color-primary-lighter);
    color: var(--color-primary);
    border-color: var(--color-primary-light);
}

/* Session Badge */
.session-badge {
    display: inline-flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-1);
    padding: var(--space-1) var(--space-3);
    border-radius: 9999px;
    font-size: var(--font-size-xs);
    font-weight: 500;
}

.session-disconnected {
    background: var(--color-error-bg);
    color: var(--color-error);
}

.session-connected {
    background: var(--color-success-bg);
    color: var(--color-success);
}

/* ── App Layout ────────────────────────────────────────────── */
.app-layout {
    display: flex;
    margin-top: var(--header-height);
    min-height: calc(100vh - var(--header-height));
}

/* ── Sidebar ───────────────────────────────────────────────── */
.sidebar {
    position: fixed;
    top: var(--header-height);
    left: 0;
    bottom: 0;
    width: var(--sidebar-width);
    background: var(--color-surface);
    border-right: 1px solid var(--color-border);
    overflow-y: auto;
    overflow-x: hidden;
    padding: var(--space-5) var(--space-4);
    transition: transform var(--transition-normal), width var(--transition-normal);
    z-index: 900;
}

.sidebar.collapsed {
    transform: translateX(calc(-1 * var(--sidebar-width)));
}

.sidebar-section {
    margin-bottom: var(--space-6);
    padding-bottom: var(--space-5);
    border-bottom: 1px solid var(--color-border-light);
}

.sidebar-section:last-child {
    border-bottom: none;
}

.sidebar-heading {
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 600;
    color: var(--color-text);
    text-transform: uppercase;
    letter-spacing: 0.05em;
    margin-bottom: var(--space-4);
    padding-bottom: var(--space-2);
    border-bottom: 2px solid var(--color-primary);
    display: inline-block;
}

.sidebar-info {
    background: var(--color-primary-lighter);
    border-radius: var(--radius-lg);
    padding: var(--space-4) !important;
    border: 1px solid var(--color-primary-light);
}

.sidebar-info p {
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-secondary);
    margin-bottom: var(--space-2);
}

.sidebar-info p:last-child {
    margin-bottom: 0;
}

/* ── Main Content ──────────────────────────────────────────── */
.main-content {
    flex: 1;
    margin-left: var(--sidebar-width);
    padding: var(--space-6);
    max-width: calc(100vw - var(--sidebar-width));
    transition: margin-left var(--transition-normal);
}

body.sidebar-collapsed .main-content {
    margin-left: 0;
    max-width: 100vw;
}

/* ── Tab Navigation ────────────────────────────────────────── */
.tab-nav {
    position: relative;
    display: flex;
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
    padding: var(--space-1);
    margin-bottom: var(--space-6);
    border: 1px solid var(--color-border);
    overflow-x: auto;
}

.tab-btn {
    flex: 1;
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    background: transparent;
    border: none;
    border-radius: var(--radius-md);
    font-family: var(--font-sans);
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 500;
    color: var(--color-text-secondary);
    cursor: pointer;
    transition: all var(--transition-fast);
    white-space: nowrap;
    position: relative;
    z-index: 1;
}

.tab-btn:hover {
    color: var(--color-text);
    background: var(--color-primary-lighter);
}

.tab-btn.active {
    color: #ffffff;
    background: var(--color-primary);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
}

.tab-indicator {
    display: none; /* Hidden — we use .tab-btn.active styling instead */
}

/* ── Tab Panels ────────────────────────────────────────────── */
.tab-panels {
    position: relative;
}

.tab-panel {
    display: none;
    animation: fadeIn 0.3s ease;
}

.tab-panel.active {
    display: block;
}

/* ── Panel Header ──────────────────────────────────────────── */
.panel-header {
    display: flex;
    align-items: center;
    justify-content: space-between;
    margin-bottom: var(--space-5);
    flex-wrap: wrap;
    gap: var(--space-3);
}

.panel-header h2 {
    font-size: var(--font-size-xl);
    font-weight: 700;
    color: var(--color-text);
}

.panel-header h3 {
    font-size: var(--font-size-lg);
}

/* ── Cards ─────────────────────────────────────────────────── */
.card {
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-left: 3px solid var(--color-primary);
    padding: var(--space-5);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
    transition: box-shadow var(--transition-fast);
}

.card:hover {
    box-shadow: var(--shadow-md);
}

.card h4 {
    margin-bottom: var(--space-3);
    color: var(--color-text);
}

/* ── Metric Cards ──────────────────────────────────────────── */
.metric-grid {
    display: grid;
    grid-template-columns: repeat(auto-fit, minmax(160px, 1fr));
    gap: var(--space-4);
    margin-bottom: var(--space-5);
}

.metric-card {
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-left: 3px solid var(--color-primary);
    padding: var(--space-4) var(--space-5);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
    text-align: center;
    transition: transform var(--transition-fast), box-shadow var(--transition-fast);
}

.metric-card:hover {
    transform: translateY(-2px);
    box-shadow: var(--shadow-md);
}

.metric-card .metric-value {
    font-size: var(--font-size-2xl);
    font-weight: 700;
    color: var(--color-primary);
    display: block;
    margin-bottom: var(--space-1);
}

.metric-card .metric-label {
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-secondary);
    font-weight: 500;
    text-transform: uppercase;
    letter-spacing: 0.04em;
}

/* ── Buttons ───────────────────────────────────────────────── */
.btn {
    display: inline-flex;
    align-items: center;
    justify-content: center;
    gap: var(--space-2);
    padding: var(--space-2) var(--space-5);
    font-family: var(--font-sans);
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 500;
    border-radius: var(--radius-md);
    border: 1px solid transparent;
    cursor: pointer;
    transition: all var(--transition-fast);
    white-space: nowrap;
    line-height: 1.5;
}

.btn:disabled {
    opacity: 0.5;
    cursor: not-allowed;
}

.btn-primary {
    background: var(--color-primary);
    color: #ffffff;
    border-color: var(--color-primary);
}

.btn-primary:hover:not(:disabled) {
    background: var(--color-primary-hover);
    border-color: var(--color-primary-hover);
}

.btn-primary:active:not(:disabled) {
    transform: translateY(1px);
}

.btn-secondary {
    background: var(--color-surface);
    color: var(--color-text-secondary);
    border-color: var(--color-border);
}

.btn-secondary:hover:not(:disabled) {
    background: var(--color-primary-lighter);
    color: var(--color-primary);
    border-color: var(--color-primary-light);
}

.btn-danger {
    background: var(--color-error);
    color: #ffffff;
    border-color: var(--color-error);
}

.btn-danger:hover:not(:disabled) {
    background: #b91c1c;
}

.btn-group {
    display: flex;
    gap: var(--space-2);
    flex-wrap: wrap;
}

/* ── Gap Sub-tabs ────────────────────────────────────────────── */
.gap-subnav {
    display: flex;
    gap: var(--space-2);
    margin-bottom: var(--space-5);
    border-bottom: 2px solid var(--color-border);
    padding-bottom: 0;
}

.gap-subtab {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-2);
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    background: none;
    border: none;
    border-bottom: 2px solid transparent;
    margin-bottom: -2px;
    cursor: pointer;
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 500;
    color: var(--color-text-secondary);
    transition: all 0.2s ease;
    white-space: nowrap;
    position: relative;
}

.gap-subtab:hover {
    color: var(--color-primary);
    background: var(--color-primary-light);
    border-radius: var(--radius-md) var(--radius-md) 0 0;
}

.gap-subtab.active {
    color: var(--color-primary);
    border-bottom-color: var(--color-primary);
    font-weight: 600;
}

.gap-subtab-icon {
    font-size: 1rem;
}

.gap-subtab-badge {
    display: inline-flex;
    align-items: center;
    justify-content: center;
    width: 8px;
    height: 8px;
    background: var(--color-primary);
    border-radius: 50%;
    flex-shrink: 0;
}

.gap-panel {
    display: none;
    animation: fadeIn 0.25s ease;
}

.gap-panel.active {
    display: block;
}

.gap-panel-header {
    display: flex;
    align-items: center;
    justify-content: space-between;
    margin-bottom: var(--space-4);
}

.gap-panel-header h3 {
    font-size: var(--font-size-lg);
    font-weight: 600;
    color: var(--color-text);
}

.gap-placeholder {
    text-align: center;
    padding: var(--space-8) var(--space-4);
    color: var(--color-text-secondary);
    font-size: var(--font-size-sm);
    border: 1px dashed var(--color-border);
    border-radius: var(--radius-lg);
    background: var(--color-bg);
}

.gap-placeholder p {
    max-width: 400px;
    margin: 0 auto;
    line-height: 1.6;
}

/* ── Forms ─────────────────────────────────────────────────── */
.form-group {
    margin-bottom: var(--space-4);
}

.form-group label {
    display: block;
    font-size: var(--font-size-xs);
    font-weight: 500;
    color: var(--color-text-secondary);
    margin-bottom: var(--space-1);
    letter-spacing: 0.02em;
}

.form-row {
    display: flex;
    gap: var(--space-3);
}

.form-row .form-group {
    flex: 1;
}

input[type="text"],
input[type="password"],
input[type="date"],
input[type="number"],
select,
textarea {
    width: 100%;
    padding: var(--space-2) var(--space-3);
    font-family: var(--font-sans);
    font-size: var(--font-size-sm);
    color: var(--color-text);
    background: var(--color-surface);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-radius: var(--radius-md);
    transition: border-color var(--transition-fast), box-shadow var(--transition-fast);
    outline: none;
    line-height: 1.5;
}

input[type="text"]:focus,
input[type="password"]:focus,
input[type="date"]:focus,
input[type="number"]:focus,
select:focus,
textarea:focus {
    border-color: var(--color-primary);
    box-shadow: var(--shadow-focus);
}

input::placeholder {
    color: var(--color-text-muted);
}

select {
    cursor: pointer;
    -webkit-appearance: none;
    -moz-appearance: none;
    appearance: none;
    background-image: url("data:image/svg+xml,%3Csvg xmlns='http://www.w3.org/2000/svg' width='12' height='12' viewBox='0 0 12 12'%3E%3Cpath fill='%236b7280' d='M6 8.825L1.175 4 2.238 2.938 6 6.7l3.763-3.763L10.825 4z'/%3E%3C/svg%3E");
    background-repeat: no-repeat;
    background-position: right 10px center;
    padding-right: 28px;
}

/* Range input */
input[type="range"] {
    -webkit-appearance: none;
    appearance: none;
    width: 100%;
    height: 6px;
    background: var(--color-border);
    border-radius: 3px;
    outline: none;
    margin: var(--space-2) 0;
}

input[type="range"]::-webkit-slider-thumb {
    -webkit-appearance: none;
    width: 18px;
    height: 18px;
    background: var(--color-primary);
    border-radius: 50%;
    cursor: pointer;
    box-shadow: 0 1px 3px rgba(0, 0, 0, 0.2);
    transition: transform var(--transition-fast);
}

input[type="range"]::-webkit-slider-thumb:hover {
    transform: scale(1.15);
}

input[type="range"]::-moz-range-thumb {
    width: 18px;
    height: 18px;
    background: var(--color-primary);
    border-radius: 50%;
    cursor: pointer;
    border: none;
}

/* Checkbox */
input[type="checkbox"] {
    -webkit-appearance: none;
    -moz-appearance: none;
    appearance: none;
    width: 16px;
    height: 16px;
    border: 1.5px solid var(--color-border);
    border-radius: var(--radius-sm);
    cursor: pointer;
    position: relative;
    vertical-align: middle;
    transition: all var(--transition-fast);
    flex-shrink: 0;
}

input[type="checkbox"]:checked {
    background: var(--color-primary);
    border-color: var(--color-primary);
}

input[type="checkbox"]:checked::after {
    content: "";
    position: absolute;
    left: 4px;
    top: 1px;
    width: 5px;
    height: 9px;
    border: solid #ffffff;
    border-width: 0 2px 2px 0;
    transform: rotate(45deg);
}

input[type="checkbox"]:focus {
    box-shadow: var(--shadow-focus);
}

.checkbox-grid {
    display: grid;
    grid-template-columns: repeat(2, 1fr);
    gap: var(--space-2);
    max-height: 200px;
    overflow-y: auto;
}

.checkbox-grid label {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-2);
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-secondary);
    cursor: pointer;
    padding: var(--space-1) var(--space-2);
    border-radius: var(--radius-sm);
    transition: background var(--transition-fast);
}

.checkbox-grid label:hover {
    background: var(--color-primary-lighter);
}

.checkbox-inline {
    display: flex;
    gap: var(--space-3);
    flex-wrap: wrap;
}

.checkbox-inline label {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-1);
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-secondary);
    cursor: pointer;
}

/* ── Info Bar ──────────────────────────────────────────────── */
.info-bar {
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    border-radius: var(--radius-md);
    font-size: var(--font-size-sm);
    margin-bottom: var(--space-4);
    border: 1px solid;
}

.info-bar.info-success {
    background: var(--color-success-bg);
    color: var(--color-success);
    border-color: #a7f3d0;
}

.info-bar.info-error {
    background: var(--color-error-bg);
    color: var(--color-error);
    border-color: #fecaca;
}

.info-bar.info-warning {
    background: var(--color-warning-bg);
    color: var(--color-warning);
    border-color: #fde68a;
}

.info-bar.info-info {
    background: var(--color-info-bg);
    color: var(--color-info);
    border-color: #bfdbfe;
}

/* ── Filter Bar ────────────────────────────────────────────── */
.filter-bar {
    display: flex;
    gap: var(--space-3);
    align-items: center;
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-md);
    border: 1px solid var(--color-border);
    margin-bottom: var(--space-4);
    flex-wrap: wrap;
}

.filter-bar select,
.filter-bar input[type="text"] {
    width: auto;
    min-width: 160px;
}

/* ── Controls Bar ──────────────────────────────────────────── */
.controls-bar {
    display: flex;
    gap: var(--space-5);
    align-items: flex-end;
    padding: var(--space-4);
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    margin-bottom: var(--space-5);
    flex-wrap: wrap;
    box-shadow: var(--shadow-sm);
}

.control-item {
    display: flex;
    flex-direction: column;
    gap: var(--space-1);
}

.control-item > label {
    font-size: var(--font-size-xs);
    font-weight: 500;
    color: var(--color-text-secondary);
}

.control-item select {
    min-width: 120px;
}

.control-item input[type="range"] {
    width: 120px;
}

/* ── Tables ────────────────────────────────────────────────── */
.table-container {
    overflow-x: auto;
    border-radius: var(--radius-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    background: var(--color-surface);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
    margin-bottom: var(--space-4);
}

.table-container table {
    width: 100%;
    border-collapse: collapse;
    font-size: var(--font-size-sm);
}

.table-container thead {
    background: var(--color-primary-lighter);
    position: sticky;
    top: 0;
}

.table-container th {
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    text-align: left;
    font-weight: 600;
    color: var(--color-text);
    font-size: var(--font-size-xs);
    text-transform: uppercase;
    letter-spacing: 0.04em;
    border-bottom: 2px solid var(--color-primary-light);
    white-space: nowrap;
}

.table-container td {
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    border-bottom: 1px solid var(--color-border-light);
    color: var(--color-text-secondary);
    vertical-align: top;
}

.table-container tbody tr {
    transition: background var(--transition-fast);
}

.table-container tbody tr:nth-child(even) {
    background: var(--color-bg-alt);
}

.table-container tbody tr:hover {
    background: var(--color-primary-lighter);
}

.table-container tbody tr:last-child td {
    border-bottom: none;
}

.table-container td a {
    color: var(--color-primary);
    font-weight: 500;
}

/* ── Progress Bars ─────────────────────────────────────────── */
.progress-section {
    margin-bottom: var(--space-5);
}

.progress-bar-container {
    width: 100%;
    height: 8px;
    background: var(--color-border);
    border-radius: 4px;
    overflow: hidden;
    margin-bottom: var(--space-2);
}

.progress-bar {
    height: 100%;
    background: linear-gradient(90deg, var(--color-primary), var(--color-accent));
    border-radius: 4px;
    width: 0%;
    transition: width 0.4s ease;
    position: relative;
}

.progress-bar::after {
    content: "";
    position: absolute;
    top: 0;
    left: 0;
    right: 0;
    bottom: 0;
    background: linear-gradient(
        90deg,
        transparent 0%,
        rgba(255, 255, 255, 0.3) 50%,
        transparent 100%
    );
    animation: shimmer 1.5s infinite;
}

.progress-info {
    display: flex;
    justify-content: space-between;
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-secondary);
}

/* ── Charts Grid ───────────────────────────────────────────── */
.charts-grid {
    display: grid;
    grid-template-columns: repeat(auto-fit, minmax(400px, 1fr));
    gap: var(--space-5);
}

.chart-card {
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-left: 3px solid var(--color-primary);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
    overflow: hidden;
}

.chart-card .chart-title {
    padding: var(--space-4) var(--space-5);
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 600;
    color: var(--color-text);
    border-bottom: 1px solid var(--color-border-light);
    background: var(--color-bg-alt);
}

.chart-card .chart-body {
    padding: var(--space-4);
    min-height: 300px;
}

.chart-full {
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
    min-height: 500px;
    margin-bottom: var(--space-5);
}

/* ── Stats Grid ────────────────────────────────────────────── */
.stats-grid {
    display: grid;
    grid-template-columns: repeat(auto-fit, minmax(140px, 1fr));
    gap: var(--space-3);
    margin-top: var(--space-4);
    margin-bottom: var(--space-5);
}

.stat-item {
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-md);
    border: 1px solid var(--color-border);
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    text-align: center;
}

.stat-item .stat-value {
    font-size: var(--font-size-lg);
    font-weight: 700;
    color: var(--color-primary);
}

.stat-item .stat-label {
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-secondary);
}

/* ── Result Sections ───────────────────────────────────────── */
.result-section {
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-left: 3px solid var(--color-primary);
    padding: var(--space-5);
    margin-bottom: var(--space-5);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
}

.result-section h3 {
    font-size: var(--font-size-lg);
    font-weight: 600;
    color: var(--color-text);
    margin-bottom: var(--space-4);
    padding-bottom: var(--space-3);
    border-bottom: 1px solid var(--color-border-light);
}

/* ── Markdown Content ──────────────────────────────────────── */
.markdown-content {
    font-size: var(--font-size-base);
    line-height: 1.7;
    color: var(--color-text);
}

.markdown-content h1,
.markdown-content h2,
.markdown-content h3,
.markdown-content h4 {
    margin-top: var(--space-6);
    margin-bottom: var(--space-3);
}

.markdown-content p {
    margin-bottom: var(--space-3);
    color: var(--color-text);
}

.markdown-content ul,
.markdown-content ol {
    margin-bottom: var(--space-3);
    padding-left: var(--space-6);
}

.markdown-content li {
    margin-bottom: var(--space-2);
}

.markdown-content blockquote {
    border-left: 3px solid var(--color-primary);
    padding: var(--space-3) var(--space-5);
    margin: var(--space-4) 0;
    background: var(--color-primary-lighter);
    border-radius: 0 var(--radius-md) var(--radius-md) 0;
    color: var(--color-text-secondary);
}

.markdown-content table {
    width: 100%;
    border-collapse: collapse;
    margin: var(--space-4) 0;
    font-size: var(--font-size-sm);
}

.markdown-content th,
.markdown-content td {
    padding: var(--space-2) var(--space-3);
    border: 1px solid var(--color-border);
    text-align: left;
}

.markdown-content th {
    background: var(--color-primary-lighter);
    font-weight: 600;
}

.markdown-content code {
    font-family: var(--font-mono);
    font-size: 0.85em;
    background: var(--color-primary-lighter);
    padding: 0.15em 0.4em;
    border-radius: var(--radius-sm);
    color: var(--color-primary);
}

.markdown-content pre {
    background: #1a1a2e;
    color: #e2e8f0;
    padding: var(--space-4);
    border-radius: var(--radius-md);
    overflow-x: auto;
    margin: var(--space-4) 0;
}

.markdown-content pre code {
    background: transparent;
    color: inherit;
    padding: 0;
}

/* ── Report Preview ────────────────────────────────────────── */
.report-preview {
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    padding: var(--space-8);
    box-shadow: var(--shadow-sm);
    max-height: 80vh;
    overflow-y: auto;
}

.status-grid {
    display: grid;
    grid-template-columns: repeat(auto-fit, minmax(200px, 1fr));
    gap: var(--space-3);
    margin-bottom: var(--space-5);
}

.status-item {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-3);
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-md);
    border: 1px solid var(--color-border);
    font-size: var(--font-size-sm);
}

.status-dot {
    width: 10px;
    height: 10px;
    border-radius: 50%;
    flex-shrink: 0;
}

.status-dot.complete {
    background: var(--color-success);
}

.status-dot.pending {
    background: var(--color-warning);
}

.status-dot.missing {
    background: var(--color-error);
}

/* ── Upload Zone ───────────────────────────────────────────── */
.upload-zone {
    border: 2px dashed var(--color-border);
    border-radius: var(--radius-lg);
    padding: var(--space-8) var(--space-6);
    text-align: center;
    cursor: pointer;
    transition: all var(--transition-fast);
    background: var(--color-bg-alt);
    margin-bottom: var(--space-5);
}

.upload-zone:hover {
    border-color: var(--color-primary);
    background: var(--color-primary-lighter);
}

.upload-zone.drag-over {
    border-color: var(--color-primary);
    background: var(--color-primary-light);
    box-shadow: var(--shadow-focus);
}

.upload-icon {
    font-size: 2.5rem;
    margin-bottom: var(--space-3);
    opacity: 0.6;
}

.upload-zone p {
    color: var(--color-text-secondary);
    margin-bottom: var(--space-4);
}

.text-preview {
    max-height: 300px;
    overflow-y: auto;
    padding: var(--space-4);
    background: var(--color-bg-alt);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-radius: var(--radius-md);
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-family: var(--font-mono);
    color: var(--color-text-secondary);
    white-space: pre-wrap;
    word-break: break-word;
    margin-bottom: var(--space-4);
}

/* ── Collapsible ───────────────────────────────────────────── */
.collapsible {
    margin-bottom: var(--space-4);
}

.collapsible-trigger {
    width: 100%;
    text-align: left;
    background: var(--color-surface);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-radius: var(--radius-md);
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    font-family: var(--font-sans);
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 500;
    color: var(--color-text-secondary);
    cursor: pointer;
    transition: all var(--transition-fast);
    display: flex;
    align-items: center;
    justify-content: space-between;
}

.collapsible-trigger::after {
    content: "";
    width: 0;
    height: 0;
    border-left: 5px solid transparent;
    border-right: 5px solid transparent;
    border-top: 5px solid var(--color-text-muted);
    transition: transform var(--transition-fast);
}

.collapsible-trigger:hover {
    background: var(--color-primary-lighter);
    color: var(--color-primary);
}

.collapsible.open .collapsible-trigger::after {
    transform: rotate(180deg);
}

.collapsible-content {
    display: none;
    padding: var(--space-4);
    background: var(--color-surface);
    border: 1px solid var(--color-border);
    border-top: none;
    border-radius: 0 0 var(--radius-md) var(--radius-md);
    font-size: var(--font-size-sm);
}

.collapsible.open .collapsible-content {
    display: block;
}

/* ── Action Bar ────────────────────────────────────────────── */
.action-bar {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-3);
    margin-bottom: var(--space-4);
    flex-wrap: wrap;
}

/* ── Section Divider ───────────────────────────────────────── */
.section-divider {
    height: 1px;
    background: var(--color-border);
    margin: var(--space-8) 0;
}

/* ── Toast Notifications ───────────────────────────────────── */
.toast-container {
    position: fixed;
    bottom: var(--space-6);
    right: var(--space-6);
    z-index: 9999;
    display: flex;
    flex-direction: column-reverse;
    gap: var(--space-3);
    pointer-events: none;
}

.toast {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-3);
    padding: var(--space-3) var(--space-5);
    background: var(--color-surface);
    border-radius: var(--radius-lg);
    box-shadow: var(--shadow-lg);
    border: 1px solid var(--color-border);
    font-size: var(--font-size-sm);
    color: var(--color-text);
    pointer-events: auto;
    animation: slideInRight 0.3s ease;
    max-width: 380px;
}

.toast.toast-success {
    border-left: 3px solid var(--color-success);
}

.toast.toast-error {
    border-left: 3px solid var(--color-error);
}

.toast.toast-warning {
    border-left: 3px solid var(--color-warning);
}

.toast.toast-info {
    border-left: 3px solid var(--color-info);
}

.toast-close {
    margin-left: auto;
    background: none;
    border: none;
    color: var(--color-text-muted);
    cursor: pointer;
    font-size: var(--font-size-md);
    padding: 0 var(--space-1);
}

.toast-close:hover {
    color: var(--color-text);
}

.toast.removing {
    animation: slideOutRight 0.25s ease forwards;
}

/* ── Loading Overlay ───────────────────────────────────────── */
.loading-overlay {
    position: fixed;
    top: 0;
    left: 0;
    right: 0;
    bottom: 0;
    background: rgba(255, 255, 255, 0.75);
    display: flex;
    align-items: center;
    justify-content: center;
    z-index: 10000;
    backdrop-filter: blur(2px);
}

.spinner {
    width: 40px;
    height: 40px;
    border: 3px solid var(--color-border);
    border-top-color: var(--color-primary);
    border-radius: 50%;
    animation: spin 0.7s linear infinite;
}

/* ── Scrollbar ─────────────────────────────────────────────── */
::-webkit-scrollbar {
    width: 6px;
    height: 6px;
}

::-webkit-scrollbar-track {
    background: transparent;
}

::-webkit-scrollbar-thumb {
    background: var(--color-border);
    border-radius: 3px;
}

::-webkit-scrollbar-thumb:hover {
    background: var(--color-text-muted);
}

/* ── Selection ─────────────────────────────────────────────── */
::selection {
    background: var(--color-primary-light);
    color: var(--color-text);
}

/* ── Keyframes ─────────────────────────────────────────────── */
@keyframes fadeIn {
    from {
        opacity: 0;
        transform: translateY(6px);
    }
    to {
        opacity: 1;
        transform: translateY(0);
    }
}

@keyframes slideInRight {
    from {
        opacity: 0;
        transform: translateX(80px);
    }
    to {
        opacity: 1;
        transform: translateX(0);
    }
}

@keyframes slideOutRight {
    from {
        opacity: 1;
        transform: translateX(0);
    }
    to {
        opacity: 0;
        transform: translateX(80px);
    }
}

@keyframes shimmer {
    0% {
        transform: translateX(-100%);
    }
    100% {
        transform: translateX(100%);
    }
}

@keyframes spin {
    to {
        transform: rotate(360deg);
    }
}

@keyframes pulse {
    0%, 100% {
        opacity: 1;
    }
    50% {
        opacity: 0.5;
    }
}

/* ── Responsive ────────────────────────────────────────────── */
@media (max-width: 1200px) {
    .charts-grid {
        grid-template-columns: 1fr;
    }
}

@media (max-width: 1024px) {
    :root {
        --sidebar-width: 260px;
    }

    .controls-bar {
        flex-direction: column;
        align-items: stretch;
    }

    .control-item {
        flex-direction: row;
        align-items: center;
        justify-content: space-between;
    }

    .control-item select,
    .control-item input[type="range"] {
        width: auto;
        min-width: 120px;
    }
}

@media (max-width: 768px) {
    .sidebar {
        transform: translateX(calc(-1 * var(--sidebar-width)));
    }

    .sidebar.mobile-open {
        transform: translateX(0);
        box-shadow: var(--shadow-lg);
    }

    .main-content {
        margin-left: 0;
        max-width: 100vw;
    }

    .app-header {
        padding: 0 var(--space-3);
    }

    .header-title h1 {
        font-size: var(--font-size-md);
    }

    .header-title .subtitle {
        display: none;
    }

    .tab-nav {
        overflow-x: auto;
        -webkit-overflow-scrolling: touch;
    }

    .tab-btn {
        padding: var(--space-2) var(--space-3);
        font-size: var(--font-size-xs);
    }

    .metric-grid {
        grid-template-columns: repeat(2, 1fr);
    }

    .panel-header {
        flex-direction: column;
        align-items: flex-start;
    }

    .btn-group {
        width: 100%;
    }

    .btn-group .btn {
        flex: 1;
    }

    .filter-bar {
        flex-direction: column;
        align-items: stretch;
    }

    .filter-bar select,
    .filter-bar input[type="text"] {
        width: 100%;
        min-width: auto;
    }

    .checkbox-grid {
        grid-template-columns: 1fr;
    }

    .form-row {
        flex-direction: column;
    }

    .gap-subnav {
        overflow-x: auto;
        -webkit-overflow-scrolling: touch;
    }

    .gap-subtab {
        padding: var(--space-2) var(--space-3);
        font-size: var(--font-size-xs);
    }

    .gap-panel-header {
        flex-direction: column;
        align-items: flex-start;
        gap: var(--space-2);
    }

    .gap-panel-header .btn {
        width: 100%;
    }

    .report-preview {
        padding: var(--space-4);
    }

    .toast-container {
        bottom: var(--space-3);
        right: var(--space-3);
        left: var(--space-3);
    }

    .toast {
        max-width: 100%;
    }
}

@media (max-width: 480px) {
    .metric-grid {
        grid-template-columns: 1fr;
    }

    .stats-grid {
        grid-template-columns: repeat(2, 1fr);
    }

    .status-grid {
        grid-template-columns: 1fr;
    }
}

/* ── Utility Classes ───────────────────────────────────────── */
.sr-only {
    position: absolute;
    width: 1px;
    height: 1px;
    padding: 0;
    margin: -1px;
    overflow: hidden;
    clip: rect(0, 0, 0, 0);
    border: 0;
}

.text-center { text-align: center; }
.text-right { text-align: right; }
.text-muted { color: var(--color-text-muted); }
.text-primary { color: var(--color-primary); }
.text-error { color: var(--color-error); }
.text-success { color: var(--color-success); }

.mt-1 { margin-top: var(--space-1); }
.mt-2 { margin-top: var(--space-2); }
.mt-3 { margin-top: var(--space-3); }
.mt-4 { margin-top: var(--space-4); }
.mt-5 { margin-top: var(--space-5); }
.mb-1 { margin-bottom: var(--space-1); }
.mb-2 { margin-bottom: var(--space-2); }
.mb-3 { margin-bottom: var(--space-3); }
.mb-4 { margin-bottom: var(--space-4); }
.mb-5 { margin-bottom: var(--space-5); }

.hidden { display: none !important; }

/* ── Mode Switcher ─────────────────────────────────────────── */
.mode-switcher {
    display: flex;
    gap: var(--space-2);
    background: var(--color-primary-lighter);
    border-radius: var(--radius-md);
    padding: var(--space-1);
}

.mode-option {
    display: flex;
    align-items: center;
    cursor: pointer;
}

.mode-option input[type="radio"] {
    display: none;
}

.mode-label {
    padding: var(--space-2) var(--space-4);
    border-radius: var(--radius-md);
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 500;
    color: var(--color-text-secondary);
    transition: all 0.2s ease;
    white-space: nowrap;
}

.mode-option input[type="radio"]:checked + .mode-label {
    background: var(--color-primary);
    color: #fff;
    box-shadow: var(--shadow-sm);
}

.mode-label:hover {
    color: var(--color-primary);
}

/* ── Sidebar Status ────────────────────────────────────────── */
.sidebar-status {
    font-size: var(--font-size-sm);
    color: var(--color-text-secondary);
    line-height: 1.8;
}

.sidebar-status strong {
    color: var(--color-primary);
}

/* ── Synthesis Sub-tabs ────────────────────────────────────── */
.synthesis-subnav {
    display: flex;
    gap: var(--space-2);
    margin-bottom: var(--space-5);
    border-bottom: 2px solid var(--color-border);
    padding-bottom: 0;
}

.synthesis-subtab {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-2);
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    background: none;
    border: none;
    border-bottom: 2px solid transparent;
    margin-bottom: -2px;
    cursor: pointer;
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 500;
    color: var(--color-text-secondary);
    transition: all 0.2s ease;
    white-space: nowrap;
    position: relative;
}

.synthesis-subtab:hover {
    color: var(--color-primary);
    background: var(--color-primary-light);
    border-radius: var(--radius-md) var(--radius-md) 0 0;
}

.synthesis-subtab.active {
    color: var(--color-primary);
    border-bottom-color: var(--color-primary);
    font-weight: 600;
}

.synth-subtab-badge {
    display: inline-flex;
    align-items: center;
    justify-content: center;
    min-width: 18px;
    height: 18px;
    padding: 0 5px;
    border-radius: 9px;
    background: var(--color-primary);
    color: #fff;
    font-size: var(--font-size-xs);
    font-weight: 600;
}

.synth-panel {
    display: none;
}

.synth-panel.active {
    display: block;
}

/* ── Upload Formats Info ───────────────────────────────────── */
.upload-formats {
    background: var(--color-primary-lighter);
    border: 1px solid var(--color-primary-light);
    border-radius: var(--radius-md);
    padding: var(--space-4);
    margin-bottom: var(--space-5);
}

.upload-formats h4 {
    margin: 0 0 var(--space-2);
    font-size: var(--font-size-sm);
    color: var(--color-primary);
}

.upload-formats ul {
    margin: 0;
    padding-left: var(--space-5);
    font-size: var(--font-size-sm);
    color: var(--color-text-secondary);
    columns: 2;
}

.upload-formats li {
    margin-bottom: var(--space-1);
}

/* ── Status Line ───────────────────────────────────────────── */
.status-line {
    font-size: var(--font-size-sm);
    color: var(--color-text-secondary);
    margin-bottom: var(--space-1);
}
.visible { display: block; }

/* ── Biome Sub-tabs (scikit-bio) ──────────────────────────── */
.biome-subnav {
    display: flex;
    gap: var(--space-2);
    margin-bottom: var(--space-5);
    border-bottom: 2px solid var(--color-border);
    padding-bottom: 0;
}

.biome-subtab {
    display: flex;
    align-items: center;
    gap: var(--space-2);
    padding: var(--space-3) var(--space-4);
    background: none;
    border: none;
    border-bottom: 2px solid transparent;
    margin-bottom: -2px;
    cursor: pointer;
    font-size: var(--font-size-sm);
    font-weight: 500;
    color: var(--color-text-secondary);
    transition: all 0.2s ease;
    white-space: nowrap;
    position: relative;
}

.biome-subtab:hover {
    color: var(--color-primary);
    background: var(--color-primary-light);
    border-radius: var(--radius-md) var(--radius-md) 0 0;
}

.biome-subtab.active {
    color: var(--color-primary);
    border-bottom-color: var(--color-primary);
    font-weight: 600;
}

.biome-panel {
    display: none;
    animation: fadeIn 0.25s ease;
}

.biome-panel.active {
    display: block;
}

.status-ok {
    color: var(--color-success);
    font-weight: 600;
}

.status-error {
    color: var(--color-error);
    font-weight: 600;
}

.metric-detail {
    font-size: var(--font-size-xs);
    color: var(--color-text-muted);
    margin-top: var(--space-1);
}

@media (max-width: 768px) {
    .biome-subnav {
        overflow-x: auto;
        -webkit-overflow-scrolling: touch;
    }

    .biome-subtab {
        padding: var(--space-2) var(--space-3);
        font-size: var(--font-size-xs);
    }
}